神学科

    同志社大学神学院·神学研究科成立于建校之初，在日本同类学校中历史最为悠久。1920年大学法颁布直到1948的该法的修改，神学科一直所属于文学院。在这期间，学院培养了大批的基督教神父、教父和社会工作者。学院还就一神教，如犹太教、基督教和伊斯兰教等相关的学科进行大量研究和学习。

    文学科

    文学院于2005年4月进行了改组再编，分成两个独立的学院：文学院和社会学院。文学院主要由六个学科组成：英文学科、哲学科、心理学科、美学艺术学科、文化史学科以及日本文学科。

   社会学科

   社会学院主要由五个学科组成：社会学科、社会福利学科、媒体·新闻·传播学科、产业关系学科、教育文化学科。

   法学科

   法学研究科的历史最早可以追溯到1891年成立的同志社政法学校。1912年，教育部特批该校为“同志社大学政治经济学院（后改为法学院）”。1920年，新的大学法颁布后，该学院分为两个学科：政治学科和经济学科。大学法于1948年修订后，两个系分别发展为法律学院和经济学院。1954年学院开设了夜校班。1950年设立了政治学专攻、私法学专攻、公共法学专攻的硕士课程，1953年增加了政治学专攻、私法学专攻的博士课程，公共法于1975年设立博士生点。法学院·法学研究科旨在培养学生法律和政治的分析技能和知识，使他们能理解当今国际环境下的法律和政治问题。

    经济学科

    经济学院的教育旨在使学生熟悉现代社会经济的方方面面，并掌握一些分析经济问题的技巧。教学课程设计的目的是使学生掌握推动经济发展和应对变化的能力。经济本科的教学除了普通课程，还包括外语和数学。课题研究主要是为了培养学生发现社会问题及解决问题的能力。研究科的教学目的主要是为了使学生毕业后能成为经济分析专家或经济学家。同时，学生也能获得成为大学教师或经济实业家所需的基础知识和技巧。

   商学科

   商学院前身为京都岩仓所设立的同志社专科学校高等商业部（后改称同志社经济专科学校），于1922年成立。1949年，该学院在同志社大学的重组中发展为商学院，大大增强了师资力量，丰富了图书资源和研究器材，同时还成立了研究生院的硕士点，后来又发展设立了博士点。长期以来，学院培养出大批的毕业生，并在日本各地商业中崭露头角，做出了杰出贡献。作为学术项目的组成部分，学院学生在大三到大四期间必须加入某个指定的或普通的课题组。该课题无论是由一人完成或合作达成，加入课题组都能帮助学生提高研究水平，顺利地完成论文。

   政策学科

   为了满足当今复杂和多样化的社会需要，政策学院于2004年4月成立，目的旨在培养能在复杂环境下发现并解决问题的人才。课程主要包括一些基础教育，但是在导师的指导下，学生能很好地找到自己对于这些课程的兴趣所在。以下四类课程主要目的在于加强学生决策的能力：1、政治科学和公共管理（A类）；2、法律（B类）；3、经济学（C类）；4、组织理论（D类）。学院不仅在特定领域中传授普通实用知识和技巧，而且注重培养基础扎实、能在各类问题面前担任领导作用的人才。拥有此类教育方式的政策学院堪称日本社会科学中新学派的学校。

    文化信息学科

    文化信息学院开设于2005年4月。该学院旨在教育天资聪颖而且雄心勃勃的学生，他们视野开阔而且能够积极投身到国际社会中。

其教育计划目标在于运用数据科学理念分析方法，让学生理解文化的重要意义。其课程注重跨学科的方法，以信息科学技术将人文领域的传统研究贯穿一起。我们热切期待这种组合式手段带来一个全新的学科，并将成为最适合在21世纪取得学术成就的学科。

    美国研究科

    不管战争或和平，美国与日本隔着太平洋遥相对望，惺惺相惜。一个多世纪以来，同志社大学一直为彼此的关系捕捉着学术前景，致力于摒弃猜疑与隔绝，达成和平与合作。在不断的国际交流中，美国研究科是具有最重要意义的部门之一。这美国研究科中设有可利用丰富图书资料的美国研究所，还设立了独立的研究生院，此为亚洲同类研究所中的首家。其教职员队伍以及学生群体来自世界各地，所研究的课题非常广泛，并且采用大量的学术资料及设施形成对美国全面而完整的认识。因此，研究科的硕士和博士学生，以及教导他们的各学科教职员可以对美国及其全球性影响提出深刻的看法。

    综合政策学科

    综合政策科学研究科作为同志社大学的研究生院研究科于1995年成立。该研究科的目标是采用“政策”这一理念将新学科与传统学科联系起来，同时促进通过教育和研究当今社会问题的解决方法来建立一门新的学科。

研究科设四门特别的课程；公共政策课、企业政策课、人类安全研究课以及技术革新经营课（只限于博士课程）。这些课程旨在培养具备高水平专项知识和综合能力的专业人才，他们将在政府或企业的政策制定或政策实施等方面发挥主导作用。